Was als einzelner Skulpturengarten begann, erstreckt sich heute über sieben Kilometer Korridore, die Renaissance-Apartments, ägyptische Sarkophage, etruskische Bronzen und die meistbesuchte Decke der Welt miteinander verbinden.
Michelangelo vollendete das Deckengemälde der Sixtinischen Kapelle in vier Jahren, während er auf einem Gerüst zwölf Meter über dem Boden 1.100 Quadratmeter bemalte. Drei Jahrzehnte später kehrte er zurück, um das Jüngste Gericht an der Altarwand zu malen – ein Werk, das sieben Jahre dauerte und 391 Figuren darstellt. Die Fresken wurden zwischen 1980 und 1994 gereinigt, wobei jahrhundertealter Ruß entfernt wurde und Farben zum Vorschein kamen, die Michelangelo mit solcher Präzision gemischt hatte, dass moderne Wissenschaftler die exakten, von ihm handgemahlenen Pigmente identifizieren konnten. Die Kapelle dient weiterhin als Ort für Konklaven, zuletzt bei der Wahl von Papst Leo XIV. im Jahr 2025 nach dem Tod von Papst Franziskus.
Raphaels vier Stanzen wurden 1508 von Julius II. in Auftrag gegeben, im selben Jahr, als Michelangelo mit der Decke begann. Das Fresko „Die Schule von Athen“ erstreckt sich über eine ganze Wand der Stanza della Segnatura und gruppiert fünfzig Philosophen um Platon und Aristoteles unter einem gewölbten Arkadengang, den Raphael nach Bramantes Entwurf für den Petersdom gestaltete. Raphael malte sein eigenes Gesicht in die Menge und steht ganz rechts neben Ptolemäus. Die angrenzende Stanza d’Eliodoro enthält die „Befreiung Petri“, in der Mondlicht, Fackelschein und göttlicher Glanz drei Momente derselben Erzählung in einem einzigen Rahmen beleuchten.
Das 1771 eröffnete Museo Pio-Clementino beherbergt den Apollo von Belvedere und den Torso vom Belvedere, die beide in Rom ausgegraben und von Michelangelo studiert wurden, bevor er mit der Sixtinischen Decke begann. Die Kartengalerie, fertiggestellt 1585, säumt vierzig Räume mit topografischen Fresken der italienischen Halbinsel, wobei jede Karte so ausgerichtet ist, dass Betrachter, die auf den Altar des Petersdoms zugehen, nach Osten blicken, als stünden sie auf dem Land selbst. Das 1839 gegründete Ägyptische Museum enthält neun Mumien und die größte Sammlung ägyptischer Artefakte außerhalb Kairo, darunter das schwarze Basalt-Totenbuch des Schreibers Khonsumes.
Eine Vatikan-Tour mit frühem Einlass ermöglicht den Zugang zu den Stanzen des Raffael und der Sixtinischen Kapelle, bevor der allgemeine Einlass um 08:00 Uhr beginnt. Gruppen der ersten Vatikan-Tour gehen direkt zur Pinakothek oder in die Pio-Clementino-Galerien und umgehen so die Warteschlangen, die sich bis zum Vormittag entlang der Viale Vaticano bilden. Die Museen schließen montags bis samstags um 20:00 Uhr und bleiben sonntags geschlossen. Der letzte Einlass ist zwei Stunden vor Schließung möglich.
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